怎样利用BLAST分析一段未知基因序列

怎样利用BLAST分析一段未知基因序列

如果你手头上正好有一段刚刚获得的基因序列，不管是哪里得来的，首先你应该知道这段序列可能的类别，与哪些基因相似性最高。这时你需要用到BLAST这一工具来简单初步分析你的序列。下面小编跟大家一起学习BLAST!

百度搜索NCBI

在百度搜索栏内键入“NCBI”，点击回车或“百度一下”，选择第一个带有“官网”标志的链接，进入NCBI主页。

点击右侧BLAST

进入主页后，我们看到有很多选项和功能，纷乱复杂，让人摸不到头绪。我们且不管这些，找到最右侧BLAST，下图箭头所指，点击进入。

点击nucleotide blast

既然我们要搜索查找一段基因序列，我们需要点击Basic BLAST中的nucleotide blast来查找，点击此项进入。

输入基因序列

因为我们也不确定这段基因到底是什么，我们需要先进行模糊查找。在Enter Query Sequence框内输入你的目的基因，或者下载，点击“选择文件”，这两种均可。

条件设置

下面有两个大的条件设置，Choose Search Set和Program Selection，小编一般都选择默认的设置，根据自己的需求选择即可，然后点击最下方“BLAST”。

结果分析

记过几秒钟的分析后，结果出现了，我们看到与这段基因相似性最高的是Duck hepatitis A virus strain，软件同时给出了相似性得分情况和其对应的序列号。

下图中前几位基因序列与未知基因的相似度最高，说明这段未知基因与这类病毒非常接近。